Keine Panik.

So ein Schluckauf im System kommt ab und zu mal vor; das ist zwar lästig, aber zum Glück nicht schlimm.
Du meinst Deine Armee von "McCullough, Colleen: Die Ladies von Missalonghi. - Byrne, Robert: Der Tunnel. - Gies, Miep /Gold, Alison L: Meine Zeit mit Anne Frank", nehme ich an? So viele habe ich wirklich noch nie gesehen.
Das beste ist, wenn man einfach aufhört zu registrieren und wartet, bis die Datenbank sich ausgesponnen hat, wenn einem sowas passiert. Im Nachhinein, wenn dann alles wieder tut wie es soll, lassen sich die Fehler dann meistens wieder problemlos beheben.
In so einer Großenordnung habe ich so einen Datenbank-Hickser allerdings wirklich noch nie gesehen:
1100 "Doppelte" sind wirklich krass. (Mir selber ist es nie mit mehr als einer handvoll Einträgen passiert.)
Zu den Reparaturvorschlägen: Ich rate immer davon ab, Bücher zu löschen -- die BCID-Nummer ist dann einfach futsch und kann nie wieder neu vergeben werden, und das ist dann halt schon schade (und die Zahlen werden immer länger :p).
Mein Alternativ-Vorschlag: die Einträge verändern und die Nummern für andere Bücher vergeben. Über "edit book details" (wie auch immer das auf Deutsch heißen mag) kannst Du dann Deinen Eintrag für jedes einzelne Readers Digest mit einem anderen Buch überschreiben.
Sollten Deine Einträge aus irgendeinem Grund nicht editierbar (oder auch löschbar) sein (das kommt ab und zu und ganz selten auch mal vor), dann kann Dir in jedem Fall der "offizielle" Bookcrossing-Support helfen -- da sitzen die Leute, die auch wirlkich in der Datenbank rumspielen können.